V roce 2006 získali Vondráčkovu cenu v kategorii praktické aplikace M. Anders, T. Uhrová a J. Roth za práci „Depresivní poruchy v neurologické praxi“ a L. Motlová a F. Koukolík za rukopis publikace „Citový mozek; neurobiologie, klinika, terapie“. V kategorii věda a výzkum byla cena rozdělena mezi soubor prací P. Stopkové zaměřených na molekulární genetiku bipolární afektivní poruchy a mezi publikaci Z. Fišara „Deprese, antidepresiva a membrány“.
